Родился в Херсоне, а с 1937 года жил в Ленинграде. Годы войны провёл в эвакуации в Семипалатинске. Учился на скандинавском отделении Педагогического института иностранных языков (1951–1954), в мастерской Н. Акимова в Театральном институте (1954–1958). Работал художником-оформителем на Комбинате декоративно-прикладного искусства Ленинградского отделения художественного фонда. Лидер старшего поколения ленинградского андеграунда, дружил с А. Кондратовым, Ю. Филатовым, Л. Аронзоном, В. Альфонсовым, А. Альтшуллером, А. Кнайфелем. С 1956-го одним из первых в СССР начал работать в абстрактно-экспрессионистской манере. Создал оригинальную эстетику спонтанной живописи, изобретая технические возможности для возникновения неконтролируемого художником изображения. По праву считается одним из самых ярких отечественных художников-нонконформистов ХХ века. Член Товарищества экспериментального изобразительного искусства (1981). Графические и живописные работы Евгения Михнова-Войтенко в настоящее время находятся в собраниях Центра Помпиду (Париж, Франция), Музея Зиммерли (Нью-Джерси, США), Государственного Эрмитажа, Государственной Третьяковской галереи, Государственного Русского музея, Московского музея современного искусства, Нового музея Аслана Чехоева, ряда региональных музеев России, многочисленных частных коллекциях в России и за рубежом. Персональные выставки художника проходили в крупнейших музеях – в Государственном Русском музее (2000), Музее Зиммерли (2001), Новом музее (2010). Умер в Ленинграде в 1988 году.